冷冻干燥过程由三个阶段组成：第一阶段冷冻阶段；第二主干燥（或主干燥）阶段；第三次-第二次干燥。
  
  对所有三个阶段进行适当的控制和监测是强制性的，以确保药品质量符合定义的关键质量属性（CQA）限制。在冷冻过程中，溶剂转化为固体，具有限定冷冻产品溶液内形成的冰网（冰晶尺寸和形状）的冷冻条件。由于冰晶在升华时会留下相同大小和形状的孔，所以内部滤饼的形态也在冷冻阶段被确定。
  
  冷冻干燥过程的第二阶段-初级干燥-由冷冻溶剂的升华控制。这个阶段代表了整个过程中^长的部分。因此，如果期望循环优化，这是^相关的。
  
  在二次干燥过程中，根据所使用的工艺条件以及其他因素（如配方的性质），通过扩散和解吸将未冷冻的水从产品中除去，导致剩余水分含量通常为1％或更低。